Trước khi các di tích thuộc Quần thể di tích Cố đô Hoa Lư, Danh thắng Tràng An-Tam Cốc-Bích Động được xếp hạng là di tích quốc gia đặc biệt thì khu vực Tràng An đã có rất nhiều di tích được xếp hạng. Hệ thống di tích này nằm chủ yếu ở các khu vực đông dân cư trong quần thể Tràng An:

Bao gồm hệ thống hang động Tràng An ở Nho Quan, Hoa Lư, Gia Viễn; Khu vực núi đá Trường Yên và các điểm di tích cụ thể như: đền Đinh - Lê, Hang Muối, Hang Quàn, Núi Chùa Am, Chùa Nhất Trụ, Động Am Tiên, Đình Yên Trạch, Chùa Kim Ngân, Phủ Đông Vương, Phủ Vườn Thiên, Đền thờ Công chúa Phất Kim, Bia Cửa Đông, Lăng vua Đinh và lăng vua Lê, Tam Cốc, Đền Thái Vi, Động và chùa Bích Động.

Đền Kê Thượng, Kê Hạ, Miếu Sơn, Chùa và động Bàn Long, Chùa và động Hoa Sơn, Đình Ngô Khê Hạ, Động Thiên Tôn, Núi chùa Bái Đính, Những địa điểm của khu căn cứ cách mạng Quỳnh Lưu, Khu Trũng, Đồng Báng, Khu vực núi Kiếp Lĩnh.

Chùa Duyên Ninh, Chùa Bà Ngô, Nhà thờ Hàn Giang Hầu, Nhà thờ Dương Đức Vĩnh, Đền thờ Quý Minh Đại Vương và hang Đền,Nhà thờ Nguyễn Tử Tương, Đình Các, Đình làng Yên Thành, Đình Sen thôn Hành Cung, Đình và chùa làng Chàng, Đền Thượng, đền Hạ thôn Thái Sơn, Đình Quang Hiển, Đền thờ Đức Thánh Trần, Đền và miếu làng Bãi Trữ, Đền và chùa Khả Lương, Đình Đông Khê.

Các di tích khảo cổ hang động ở Tràng An phân bố với mật độ cao và chia thành 5 nhóm, mỗi nhóm từ 4-6 di tích gồm:

1. Nhóm hang Bói nằm ở khu trung tâm khối đá vôi Tràng An có diện tích khoảng 3 km2, tiêu biểu là hang Bói, hang Trống, hang Mòi.
2. Nhóm mái đá Vàng nằm ở khu trung tâm khối đá vôi Tràng An có diện tích khoảng 4 km2, tiêu biểu là Mái đá ông Hay, Mái đá Chợ và Mái đá Vàng.
3. Nhóm thung Bình nằm ở rìa phía tây khối đá vôi Tràng An trên diện tích khoảng 2 km2, tiêu biểu là 4 hang ở núi thung Bình và hang Chùa.
4. Nhóm mái đá Ốc nằm ở rìa tây nam khối đá vôi Tràng An trên diện tích khoảng 3 km2, tiêu biểu là mái đá Ốc, núi Tướng 1,2, mái đá Ốc 2 và hang Vàng.
5. Nhóm hang Áng Nồi nằm ở phía bắc khu di sản trên diện tích khoảng 4 km2, tiêu biểu là các hang Áng Nồi, hang Ông Mi và hang Son.